C'est l'un des romanciers français les plus populaires, en France comme à l'international, et aussi l'un des plus adaptés au cinéma. Il est considéré comme le chef de fil de l'école littéraire dite « naturalisme ». Son œuvre principale, Les Rougon-Macquart, est une gigantesque fresque romanesque en vingt volumes, qui peint la vie d'une famille française, sur cinq générations, sous le Second Empire (1851 – 1870).
Zola s'inspire de l'œuvre de Balzac (1799 – 1850), écrivain français dont est tiré un autre épisode des Contes et Nouvelles du XIXème. Balzac avait conçu une œuvre immense, La Comédie Humaine, cycle romanesque dressant un tableau complet de la société de son temps au travers de divers personnages réapparaissant au fil des romans selon les relations de travail qui les unissent. Zola reprend à son compte ce projet en le modifiant.
Les Rougon-Macquart retrace l'histoire d'une famille française sur cinq générations : les liens qui unissent les personnages, et, dès lors, le fil conducteur du cycle romanesque, ne sont plus des liens professionnels mais des liens familiaux : les liens de l'hérédité. Le cycle acquiert du même coup un fil conducteur qui n'est pas fortuit (les relations professionnelles qui sont, au fond, des relations de circonstance), mais plus profond (la famille, l'hérédité).
En effet, l'hérédité est l'un des grands thèmes scientifiques de l'époque. Zola voulait produire une œuvre qui fût « plus scientifique que sociale », par opposition à celle de Balzac. « L'hérédité a ses lois, comme la pesanteur », estime-t-il. « Je veux expliquer comment une famille se comporte dans une société, en s'épanouissant pour donner naissance à dix, à vingt individus qui paraissent, au premier coup d'œil, profondément dissemblables, mais que l'analyse montre intimement liés les uns aux autres. »
Pour servir ce projet d'envergure scientifique, Zola imagine de nouvelles méthodes de travail, qui donneront naissance à un nouveau courant littéraire, le naturalisme. Zola est en effet celui qui a transposé les méthodes de la science à la littérature. Il rejette le style plein d'effets et de « mots superflus » de la littérature romantique. Il veut une langue claire, simple, précise, qui peigne la réalité le plus exactement possible, comme à travers un écran qui la déformerait à peine. Ayant lui-même fait ses débuts dans le journalisme, il recommande à tous les jeunes écrivains de s'y frotter, s'ils veulent acquérir un style concis et efficace.
Il innove des méthodes de travail qui ne sont pas sans rappeler celles des scénaristes américains contemporains, notamment en ce qui regarde la série télévisée : d'une part, Zola se documente énormément, effectuant des déplacements, s'entretenant avec les gens, prenant des notes. D'autre part, il travaille en amont de son œuvre, établissant pour chaque roman, préalablement à l'écriture proprement dite, un schéma narratif, des fiches détaillées sur chaque personnage, des plans d'architecte des lieux où il veut installer l'action, des considérations sur le rythme et l'intensité qu'il entend conférer à chaque chapitre. Ces méthodes, nouvelles à l'époque, font rire les critiques. Elles sont aujourd'hui la base de la littérature contemporaine mondiale.
Zola ne fait pas non plus mystère du côté rémunateur de l'opération. Etudiant, il a connu des années de misère noire. Plus tard, travaillant dans l'édition, il a compris l'intérêt, pour l'éditeur comme pour l'écrivain, de l'écriture feuilletonante.
Son roman L'Assommoir (1877) est celui qui lui apporte le succès. Succès qu'il faut toutefois nuancer : son écriture naturaliste est jugée choquante à l'époque, notamment pour la description détaillée et documentée qu'il fait de l'alcoolisme, qui est la tare héréditaire principale qui affecte la famille des Macquart. Zola connaîtra, de son vivant, une popularité immense à l'international, tout en étant vivement critiqué dans son pays.
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